在開展研究之前，選擇合適的標(biāo)記物可避免浪費大量的精力，因為沒有一個標(biāo)記系統(tǒng)是無缺的。因而，應(yīng)該考慮標(biāo)記過程的主要目標(biāo)是什么。
一、標(biāo)記蛋白的細(xì)胞和亞細(xì)胞定位檢測
如果標(biāo)記物僅僅用于檢測蛋白在細(xì)胞中的位置，那么GFP具有*的優(yōu)勢，因為該系統(tǒng)可在活細(xì)胞中適時直接觀察蛋白的定位。其他的標(biāo)記物均沒有這一特性。因此，如果確定蛋白在細(xì)胞的定位是實驗的主要目標(biāo)，又有適當(dāng)?shù)臒晒怙@微鏡，那么GFP是*選擇。如在實驗中GFP不合適或者失敗，亦可以嘗試myc和HA標(biāo)記物。
二、蛋白調(diào)控和相互作用的檢測
如果希望通過免疫沉淀和免疫印跡技術(shù)研究蛋白和宿主細(xì)胞成分的相互作用，那么基于多肽的標(biāo)記物是正確的選擇。所需要的標(biāo)記物應(yīng)該對蛋白的穩(wěn)定性和功能不產(chǎn)生影響，并且具有適合在同一細(xì)胞系統(tǒng)中使用多種不同標(biāo)記蛋白的潛力。
這類標(biāo)記物的主要問題是可與宿主蛋白發(fā)生交叉反應(yīng)，因此應(yīng)檢測標(biāo)記系統(tǒng)與將使用的實驗系統(tǒng)中其他成分的交叉反應(yīng)性。建議在特定的系統(tǒng)中對抗標(biāo)記物抗體或者多肽標(biāo)記物結(jié)合蛋白進(jìn)行對照實驗。商品化試劑快速方便，但費用較高。
另外一個重要的步驟是核對抗標(biāo)記物檢測系統(tǒng)在研究標(biāo)記蛋白的試驗系統(tǒng)中的本底信號。zui近，已經(jīng)有直接標(biāo)記的針對FLAG、myc、HA和VSV-G表位的抗體。這些試劑有助于降低本底，特別適用于經(jīng)免疫沉淀后進(jìn)行免疫印跡分析。用于檢測S多肽標(biāo)記或鏈霉親和素標(biāo)記蛋白的直接標(biāo)記試劑也有供應(yīng)。
開展工作的合理方法是對3種zui常用的表位標(biāo)記物進(jìn)行嘗試，即對商品化的抗FLAG抗體MI和M2、抗HA抗體12CA5以及抗myc抗體9E10的特性進(jìn)行試驗。避免使用那些在檢測系統(tǒng)中產(chǎn)生高本底的標(biāo)記物，選擇那些本底信號低或沒有本底信號的標(biāo)記物?？刂茩z測試劑以及一抗本身（第三章）的交叉反應(yīng)具有重要的意義。由于所有這些抗體都是鼠源性單克隆抗體，可以通過在這些試驗程序中使用相同的檢測試劑進(jìn)行比較。一個基本的步驟是對所有4種抗體的反應(yīng)進(jìn)行比較，在選定的系統(tǒng)中包含一個對照，該對照僅含檢測試劑而無一抗。
