溫度梯度PCR是指在退火溫度不太明確時(shí)，為了找到*退火溫度，在一臺(tái)PCR儀上同時(shí)做多管PCR，每一管放在儀器內(nèi)不同列（有的是不同行）上，分別進(jìn)行PCR（如50℃~60℃可以分6管，分別為50，52，54，56，58，60度），zui后看看哪個(gè)溫度的效果。總之是用來(lái)進(jìn)行退火溫度優(yōu)化的。
        降落PCR是在同一個(gè)PCR管內(nèi)進(jìn)行PCR，只是每個(gè)循環(huán)的溫度不同（如每個(gè)循環(huán)降1度）。一般兼并引物用這種方法多些。
設(shè)計(jì)多循環(huán)反應(yīng)的程序，以使相連循環(huán)的退火溫度越來(lái)越低。由于開(kāi)始時(shí)的退火溫度選擇為高于估計(jì)的Tm值，隨著循環(huán)的進(jìn)行，退火溫度逐漸降到Tm值，并zui終低于這個(gè)水平，用于確保*個(gè)引物—模板雜交事件發(fā)生在zui互補(bǔ)的反應(yīng)物之間，即那些產(chǎn)生目的擴(kuò)增產(chǎn)物的反應(yīng)物之間。盡管退火溫度zui終會(huì)降到非特異雜交的Tm值，但此時(shí)目的擴(kuò)增產(chǎn)物已開(kāi)始幾何擴(kuò)增，在剩下的循環(huán)中處于*滯后（非特異）PCR產(chǎn)物的地位。