原位雜交結(jié)合免疫組織化學(xué)技術(shù)主要用于在同一細(xì)胞內(nèi)同時或先后檢測特定基因在核酸和蛋白質(zhì)或多肽水平的表達，這樣不僅能了解基因表達，而且還能研究某種基因表達的翻譯和轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)。如果免疫組織化學(xué)檢測的抗原成分是與原位雜交的靶核酸不同基因編碼的蛋白質(zhì)或多肽等，那么同時使用原位雜交和免疫組織化學(xué)技術(shù)可研究一種基因的轉(zhuǎn)錄與另一種基因編碼的蛋白質(zhì)合成之間的相互關(guān)系。在病毒學(xué)研究中，將原位雜交與免疫組織化學(xué)相結(jié)合，可在細(xì)胞水平上同時研究病毒基因及其表達產(chǎn)物——即病毒抗原的分布。如果將檢測病毒基因的原位雜交與檢測細(xì)胞類型特異性抗原的免疫組織化學(xué)相結(jié)合，則可鑒別受染細(xì)胞的類型，尤其對在含多種細(xì)胞類型的組織（如神經(jīng)組織）中確定受染細(xì)胞的類型更有幫助。總之，原位雜交和免疫組織化學(xué)結(jié)合的雙標(biāo)記技術(shù)在深入研究基因表達的調(diào)控以及病毒性疾病的發(fā)病機制等方面具有廣闊的應(yīng)用前景。
原位雜交結(jié)合免疫組織化學(xué)技術(shù)可以分別在相鄰的連續(xù)切片上進行。只要在相鄰切片上能得到同一細(xì)胞的連續(xù)切面。對照觀察相鄰切片上同一細(xì)胞切面原位雜交和免疫組織化學(xué)結(jié)果，就可以判斷在同一細(xì)胞內(nèi)是否存在特定的靶核酸DNA或RNA和由該基因或另一種基因編碼的蛋白質(zhì)或多肽。
原位雜交結(jié)合免疫組織化學(xué)技術(shù)更多的是在同一細(xì)胞標(biāo)本或組織切片上進行，這樣可避免因相鄰切片法觀察時不易找到同一細(xì)胞的切面而產(chǎn)生的空間誤差和樣本誤差。但采用同一切片的雙標(biāo)記技術(shù)時。*次標(biāo)記染色過程總要或多或少地影響第二次標(biāo)記染色的結(jié)果，使第二次染色結(jié)果不很理想。
在同一細(xì)胞和切片標(biāo)本上進行原位雜交和免疫組織化學(xué)雙標(biāo)記時，可以先用原位雜交檢測核酸，也可以先用免疫組織化學(xué)檢測蛋白質(zhì)。不同的檢測程序各有其優(yōu)缺點。
1．原位雜交在先 細(xì)胞和切片標(biāo)本先用核酸探針做原位雜交，檢測DNA或mRNA，接著再進行免疫組織化學(xué)反應(yīng)。檢測抗原成分。原位雜交可用放射性核素標(biāo)記探針，也可用非放射性標(biāo)記物標(biāo)記探針，免疫組織化學(xué)可用ABC法等。先做原位雜交，尤其是RNA原位雜交標(biāo)本中的mRNA丟失較少，雜交信號較強。但是，在原位雜交的操作過程中，可能會影響抗原物質(zhì)的抗原性，會減弱免疫組織化學(xué)的染色強度。
標(biāo)本先做原位雜交，操作步驟基本上按單做原位雜交的程序進行。只是由于雜交前的蛋白酶消化會改變蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，從而導(dǎo)致抗原性改變，所以應(yīng)用時要小心，蛋白酶消化的時間要適度，不可過長。雜交和洗滌的溫度不要超過45~C，雜交溫度過高會導(dǎo)致抗原物質(zhì)變性。
如用放射性核素標(biāo)記探針進行原位雜交，放射自顯影可在雜交反應(yīng)后立即進行，也可在免疫組織化學(xué)反應(yīng)完成后進行。如在放射自顯影完成后再進行免疫組織化學(xué)染色，組織標(biāo)本上的核乳膠薄膜可能會影響抗體分子的穿透。
如用地高辛標(biāo)記的非放射性核素探針進行原位雜交與免疫組織化學(xué)雙標(biāo)記，可在雜交反應(yīng)后將原位雜交檢測核酸的抗地高辛抗體（Fab’段）與免疫組織化學(xué)檢測蛋白或多肽的*抗體混合在一起，一同孵育標(biāo)本。之所以兩種抗體能相混合同時孵育標(biāo)本，是因為檢測核酸的抗地高辛抗體只有Fab’段，不具有抗體抗原決定簇的Fc段，而檢測蛋白或多肽的免疫組織化學(xué)程序中的第二抗體是以其Fab’段與*抗體的Fc段結(jié)合而反應(yīng)的，不能與抗地高辛抗體結(jié)合，因此，原位雜交中的抗體與免疫組織化學(xué)中的抗體混合孵育標(biāo)本不會產(chǎn)生交叉結(jié)合。這兩種抗體混合孵育標(biāo)本可明顯縮短原位雜交和免疫組織化學(xué)結(jié)合的雙標(biāo)記實驗周期。
2．免疫組織化學(xué)在先 細(xì)胞和切片標(biāo)本先用特異性抗體經(jīng)免疫組織化學(xué)檢測其中的相應(yīng)抗原成分．接著用核酸探針做原位雜交，顯示同一細(xì)胞或標(biāo)本內(nèi)的DNA或mRNA。免疫組織化學(xué)技術(shù)多用ABC法，顯色劑可用DAB、PPD（Para-phenylenediamine）或AEC（3—amino-9—ethyl-carbazole）。當(dāng)與放射性核素的原位雜交結(jié)合時，DAB或PPD顯色所呈的棕褐色或棕黑色陽性產(chǎn)物在隨后的原位雜交的操作過程中比較穩(wěn)定，不會褪色。如果用AEC作顯色劑，陽性產(chǎn)物呈紅色，它與原位雜交放射自顯影的陽性信號黑色銀粒對比更加鮮明，易于在同一細(xì)胞內(nèi)分辨出來。但由于AEC的陽性產(chǎn)物能溶于乙醇等有機溶劑，因此在隨后的原位雜交操作過程中不能用乙醇脫水，可代之以空氣干燥。
免疫組織化學(xué)若與*或地高辛等非放射性標(biāo)記探針的原位雜交相結(jié)合。在選擇檢測系統(tǒng)時應(yīng)考慮到兩個系統(tǒng)之間是否存在相互干擾。再者，在選用顯色劑時，免疫組織化學(xué)和原位雜交zui終的兩種成色陽性產(chǎn)物應(yīng)易于分辨。
*行免疫組織化學(xué)反應(yīng)。后進行原位雜交。通?？乖茌^好地顯示，但靶核酸有可能在進行免疫組織化學(xué)的過程中易于遭到破壞。當(dāng)靶核酸是mRNA時，則要求整個免疫組織化學(xué)染色過程必須在無RNA酶的條件下進行。

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